無欠勤の人のみに付けるのか、1日欠勤の人にも付けるのか、５，０００円付けるのか、１０，０００円付けるのか…。

支給要件、支給金額は院長先生が自由に決めることができます。

この皆勤手当は多くの医療機関で採用されている手当だと思います。
皆勤手当は文字通り、無遅刻無欠勤を奨励するシステムです。

但し、有給休暇は正当な休暇ですので、これを欠勤として支給対象から除外することはできません。

年次有給休暇はどんどん日数が増えてきて、今では入社６年半で２０日あります。

ですから年次有給休暇がなくなって「欠勤」になる人は、長期病欠者を除けば、ほとんどいないのが実態です。

また３日遅刻したら１日欠勤したとみなして、欠勤減額されるのは

「賃金支払５原則の�B全額払いの原則」

に違反するので、未払い賃金として請求できます。
あくまでも欠勤した時間に対して減額するべきでしょう。