有給休暇を取った従業員に、その月の皆勤手当1万円を支払わなければいけないのでしょうか。

有給休暇は、休んでも出勤しているものと見なして給料を支払う制度です。

１万円がなくなるから、有給休暇が取れないというケースも出てきそうです。
基本的には有給休暇は「労働したものとみなして給料を支給する」わけですから、皆勤手当を支給しないということはできません。

労働基準法の規定では、

「使用者は有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないようにしなければならない」

と決められています。
しかし実はこの「しないようにしなければならない」がポイントで、結局「努力項目」という意味です。

この規定の性質は努力義務とされていて、仮に不利益な取扱いをしたとしても、民事上の効力は必ずしも無効になるものではありません。

つまり、精皆勤手当や賞与の額の算定などの時に、有給休暇を取得した日を欠勤としたりそれに準じた形で扱ったりしても、必ずしも無効とは言えないでしょう。

確かに毎日休まずに働いた者と有休２０日消化したものと皆勤手当が同じように支給されることは平等とは言えないでしょう。